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l'ADN ancien des abysses

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Les abysses constituent la plus importante archive de biodiversité marine qui, par-delà des microfossiles, peut également être consultée par le biais de l'ADN ancien. C'est la conclusion tirée de l'étude menée par Franck Lejzerowicz du groupe du Pr Jan Pawlowski et publiée le 8 mai 2013 dans la revue Biology Letters, qui rapporte la présence de minuscules fragments d'ADN enfouis dans le sédiment à 5000 mètres sous les flots de l'Atlantique Sud et préservés depuis la fin du Pléistocène.
Bien que ciblant des groupes microfossiles de référence tels que les foraminifères, la plus grande partie de la diversité en ADN qui a pu être exhumée par séquençage massif correspondait à des espèces qui ne fossilisent pas.
Cette nouvelle source d'information pourrait être utilisée pour combler les lacunes du bilan fossile et apporter des données complémentaires utiles à une meilleure compréhension de l'évolution de la fragile biodiversité marine.

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Archéologie en Pays Dogon, peuplement humain, présent et passé, en Afrique occidentale

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Que peuvent nous apprendre les fouilles d’Ounjougou au Mali ? Une histoire bien différente de celle que nous connaissons, ou du moins, que nous supposons.

Homme de terrain et théoricien de l’archéologie, Eric Huysecom œuvre depuis 25 ans à comprendre l'histoire du peuplement humain de l’Afrique.

Il vient de découvrir, que, bien avant l’Europe, les populations d’Afrique de l’Ouest, invente le Néolithique et, avec celui-ci, un cortège de nouveautés.

Le Pr Huysecom était l'invité de France Inter le 8 mai dernier pour parler de ses recherches dans l'émission «Le Salon noir».
Vous pouvez réécouter le podcast de l'émission c-dessous.

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MetaPIGA en version 3.1

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MetaPIGA, un logiciel polyvalent et facile d'utilisation développé par le laboratoire du Pr. Milinkovitch, vient d'atteindre la version 3.1.

Le programme met en œuvre de robustes heuristiques stochastiques (y compris l'algorithme génétique métapopulationnel, metaGA) pour l'inférence phylogénétique par maximum de vraisemblance.

Il permet l'analyse des données binaires (par exemple morphologiques) et moléculaires (nucléotides, acides-aminés, et codons) sous de multiples modèles de substitution, l'hétérogénéité (Gamma) de taux d'évolution, et le partitionnement des données.

Le logiciel est conçu pour tous les types d'utilisateurs, il peut être exécuté par le biais d'une interface graphique ergonomique, ou en utilisant des fichiers batch et l'interface de la console sur votre machine locale ou sur des serveurs distants.

La version 3.1 de MetaPIGA inclut de nouvelles fonctionnalités telles que la reconstruction des caractères ancestraux (par inférence Bayésienne) et le calcul de vraisemblance sur cartes graphiques Nvidia CUDA-compatibles (réduisant le temps de calcul par un facteur 10 à 20 pour les données protéiques ou de codons).

MetaPIGA est indépendant du système opérateur (Windows, Mac, Linux), il fonctionne sur systèmes 32 et 64 bits, et peut facilement tirer avantage des ordinateurs multiprocesseurs et/ou multicœurs.

Vous pouvez trouver plus d'informations à propos de MetaPIGA soit sur le site Web du LANE soit sur celui de MetaPIGA.

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Comment les serpents sentent avec leur langue

Snake

L'organe voméronasal (VNO) est une structure olfactive qui détecte les phéromones et autres signaux chimiques environnementaux. Cet organe est composé de neurones sensoriels qui expriment divers groupes de chémorécepteurs transmembranaires. Deux de ces groupes (ou répertoires) - les récepteurs V1R et V2R - servent à détecter des molécules qui sont, pour les premiers volatiles dans l'air, et pour les seconds solubles dans l'eau.

Il a été suggéré que le changement d'habitat, du milieu aquatique vers la terre ferme, des premiers tétrapodes se soit traduit par une augmentation de la proportions de gènes V1R. Malheureusement, les serpents étaient absents de cette analyse. Les serpents présentent des adaptations spectaculaires et exceptionnelles qui sont facilement reconnaissables.

Profondément ancré dans l'imaginaire collectif, la langue que le serpent rentre et sort de sa bouche (et dont la fonction est de fournir des molécules odorantes au VNO) est certainement l'un des traits les plus facilement reconnaissables par le public comme étant «reptilien».

Il est probable que le succès évolutif des serpents est du en grande partie au développement exceptionnel de leur VNO. En effet, les  capacités chémo-sensorielles spectaculaires des serpents sont dues au développement exceptionnel de leur VNO associé à un système de transport sophistiqué de molécules odorantes par la langue. Des serpents aveugles peuvent en effet survivre dans la nature parce qu'ils comptent beaucoup plus sur leur VNO que sur leur système visuel!

Le laboratoire du Pr Michel Milinkovitch, en collaboration avec le Pr Ivan Rodriguez, tous les deux membres de notre département, a utilisé diverses techniques moléculaires pour analyser la diversité, l'évolution et le profil d'expression des récepteurs des répertoires vomeronasaux du serpent des blés. Leurs résultats ont récemment été publiés dans la revue «Genome Biology & Evolution».

Ils indiquent que les serpents et les lézards ont conservé un nombre extrêmement limité de gènes V1R mais présentent un grand nombre de gènes V2R, y compris de multiples lignées qui se sont spécifiquement développées chez les reptiles et les serpents.

Ces analyses ne supportent donc pas l'hypothèse que le passage à un répertoire de récepteurs voméronasaux dominé par les V1Rs chez les mammifères reflète la transition évolutive des premiers tétrapodes du milieu aquatique vers la terre ferme.

Cette étude met en lumière la dynamique évolutive des familles de récepteurs vomeronasaux chez les vertébrés et révèle comment les mammifères et les reptiles squamates ont adapté de façons différentes le même répertoire génétique voméronasal ancestral pour s'adapter à l'environnement terrestre.

Cette étude démontre également que la transcription bigénique des gènes V2R si particulière chez les mammifères est conservé chez les reptiles squamates, suggérant un rôle fonctionnel important, mais inconnu, joué par une telle stratégie d'expression.

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Le sauvetage d'une espèce de tortue des Galápagos en voie de disparition

Tortue

L'île d'Española dans l'archipel des Galápagos comportait une espèce distincte et endémique de tortues géantes (Chelonoidis hoodensis).

Le nombre d'individus de cette espèce, initialement de plusieurs milliers, a été réduit à seulement 12 femelles et 3 mâles suite à la décimation sur deux siècles par les baleiniers et la destruction de leur habitat par des chèvres (introduites par les baleiniers également).

Depuis 1971, les 15 tortues survivantes sont élevées en captivité par le personnel du Park National des Galápagos.

L'éradication des chèvres a été finalisée en 1978. Près de deux milles descendants des 15 tortues survivantes sont nées en captivités et ont été rapatriées ces 40 dernières années vers l'île d'Española où elles occupent environ un tiers de l'habitat disponible.

Le laboratoire du Pr. Milinkovitch montre, au moyen des techniques de génétique moléculaire, que les individus rapatriés montrent des capacités de reproduction substantielles et en augmentation constante.

En effet, aucune des tortues échantillonnées en 1994 sur Española n'avaient éclos sur l'île contre 3% en 2004 et 24% en 2007.

Cette reprise de la reproduction a eu lieu en dépit d'une très faible diversité génétique de la population parentale captive, notamment suite à une reproduction non-aléatoire et un succès reproducteur très variable entre les parents captifs.

Ces résultats fournissent des lignes directrices pour l'adaptation des régimes de reproduction dans la population parentale captive et la diminution de la consanguinité dans la population rapatriée.

Cette nouvelle étude montre également que la distribution hétérogène de tailles des tortues sur l'île est due à une variation importante du nombre d'animaux inclus dans chaque rapatriement annuel effectué au cours des 40 dernières années.

Cette étude, publiée dans la revue «Evolutionary Applications», révèle que certaines espèces en voie de disparition peuvent récupérer de façon spectaculaire en dépit d'un manque de variation génétique et des efforts de rapatriement irréguliers.

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Le crocodile fait la couverture de 'Science': La physique joue aux dés durant le développement embryonnaire

Crocs

Mise-à-jour (7.1.2013)

Le crocodile fait la couverture du numéro de 'Science' du 4 janvier 2013!

Chez les vertébrés, les plumes, les poils et les écailles se développent selon des processus génétiquement contrôlés. Il existe toutefois une exception à cette règle, que l’on pensait jusqu’alors être universelle. C’est ce que vient de découvrir l’équipe du Professeur Michel Milinkovitch, en collaboration avec Matthias Zwicker, de l’Université de Berne.

Le travail de ces chercheurs, publié le 29 novembre 2012 dans la revue Science, dévoile que les écailles de la face et de la mâchoire du crocodile émergent d’un processus physique aléatoire de craquage de la peau, lors du développement embryonnaire.

Les formes générées résultent vraisemblablement de la tension mécanique exercée sur la peau épaisse et rigide par la croissance rapide du squelette sous-jacent, et non pas d’une croissance génétiquement programmée.

Ces résultats défrichent une nouvelle voie, celle de l’exploration des interactions subtiles entre les paramètres génétiques et physiques au cours du développement embryonnaire des animaux.

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Travailler sans salaire: le mystère des chloroplastes volés

Foram

Les recherches du laboratoire du Pr Pawlowski sur le genre de foraminifère Elphidium vont faire la une de l'édition du mois de janvier 2013 du journal "Molecular Biology and Evolution".

Les membres d'Elphidium se nourrissent d'algues diatomées et parviennent à retenir sélectivement les chloroplastes de ces algues alors que le reste de la cellule est digéré.

Au cours de ce processus, appelé 'kleptoplastidie', les chloroplastes acquis restent actifs à l'intérieur du foraminifère pendant plusieurs mois.

Comme la plupart des gènes nécessaires à l'activité de ces plastes sont encodés dans le noyau des diatomées, on ne sait pas comment la cellule du foraminifère hôte parvient à maintenir l'activité photosynthétique sans cette information.

Il a été proposé que le Transfert Horizontal de Gènes (HGT) de la proie aux noyaux de l'hôte pourrait expliquer le maintien de ces kleptoplastides.

Pour tester cette hypothèse, Loïc Pillet du laboratoire Pawlowski ont obtenu 17125 séquences EST d'Elphidium margaritaceum et recherché, dans cet ensemble de données, des protéines encodées par le noyau et ayant une fonction dans l'activité photosynthétique ou dans l'entretien des plastes.

Ces analyses ne montrent aucun signe de la présence de tels gènes transcriptionnellement actifs et suggèrent ainsi que l'hypothèse HGT ne suffit pas à expliquer la longévité du chloroplaste dans Elphidium.

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Vers une cartographie génétique du monde vivant microscopique

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Nul ne connait l’étendue de la richesse de notre planète en protistes, un groupe qui réunit tous les micro-organismes dotés d’un noyau intracellulaire distinct. Cette constellation hétérogène, véritable gemme de la biodiversité en termes de quantités d’espèces, recèle encore la plupart de ses secrets.

Afin de lever le voile sur ce monde invisible, et étant donné l’importance cruciale de certains groupes de protistes, un programme international regroupant 24 institutions a été mis sur pied par Jan Pawlowski, professeur à la Faculté des sciences de l’Université de Genève (UNIGE), et Colomban de Vargas, directeur de recherche au CNRS à la Station biologique de Roscoff (Bretagne).

Cette vaste initiative, à laquelle participe aussi l’Université de Neuchâtel (UNINE), est détaillée dans la revue PLoS Biology du 6 novembre 2012. Elle a pour but d’établir une librairie de référence de «codes-barres génétiques» qui permettra de sonder l’immense diversité des protistes et d’en identifier les espèces inconnues pour, à terme, en apprécier leur rôle dans les écosystèmes.

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L'Hydre comme modèle de recherche en biologie

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Un numéro spécial de la revue The International Journal of Developmental Biology (Int J Dev Biol), présidé par la Pr Brigitte Galliot et intitulé 'The Hydra Model System' a été publié le 10 octobre 2012.

Cet ouvrage multidisciplinaire présente en 22 articles tous les aspects de la biologie qui peuvent être ciblés et étudiés grâce au modèle de l'Hydre.