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- 29-09-2011
Les espèces reptiliennes sont largement sous-représentées dans les études de génomique comparative malgré qu'elles soient plus nombreuses et plus diversifiées que les mammifères. Etant donné la grande distance évolutive entre les reptiles et les espèces modèles classiques, le séquençage à haut débit de leur transcriptomes devient une approche préférentielle pour la découverte et l'annotation de leurs gènes.
Le laboratoire du Pr Michel Milinkovitch vient de publier dans le journal EvoDevo, le séquençage et l'analyse du transcriptome de quatre espèces de reptiles: le crocodile du Nil, la couleuvre des blés, l'agame barbu, et la tortue de Floride.
Cette base de données comparative de transcriptomes identifie 20'000 à 31'000 transcrits par espèce pour une longueur non-redondante cumulée de 250 millions de nucléotides.
Dans cette étude, les auteurs identifient également des milliers de marqueurs moléculaires et polymorphismes pour de futures analyses de génétique quantitative et des populations.
En outre, la construction d'énormes alignements de séquences protéiques (environ 2 millions d'acides aminés par espèces) permettent de démontrer que les tortues ne sont pas des reptiles ancestraux (à la base de l'arbre évolutif des reptiles) mais bien le groupe frère des Archosauriens (crocodiles et oiseaux), répondant ainsi à une très ancienne et persistante question en biologie évolutive des vertébrés.
Le “Reptilian Transcriptome v1.0” est disponible gratuitement sur www.reptilian-transcriptomes.org.
Cette nouvelle ressource génomique devrait être utile pour un grand nombre de chercheurs car les reptiles acquièrent une importance croissante dans les domaines de la génomique comparative, de l'écologie, et de la génétique évolutive du développement.