Des micro-codes barres pour identifier les habitants des fonds marins

A des profondeurs de plus de 2000 mètres, le plancher océanique fourmille d'une vie encore mal connue.

L’immensité et l'éloignement de cet écosystème sous-marin, mais aussi la difficulté de cultiver ses fragiles habitants en dehors de leur milieu, donnent un air de mystère aux mers profondes et à leurs habitants.

Dans un article récemment publié dans la revue PNAS, Béatrice Lecroq et Franck Lejzerowicz du laboratoire du Pr Jan Pawlowski, et ses collaborateurs, ont utilisé une technologies de séquençage haut-débit afin d’identifier les foraminifères benthiques de ces fonds marins.

Ils ont ciblé un fragment d'ADN ribosomal de 36 paires de base comme un code-barre génétique pour distinguer les différentes espèces de foraminifères benthiques entre elles.

Le code barre génétique a permis de classer la quasi-totalité des plus de 800 entités taxinomiques uniques en ordres distincts. Environ la moitié d'entre elles ont pu être attribuée à des familles, et quelques-unes aussi à des espèces individuelles.

L’étude a révélée que la plupart des espèces appartenaient aux lignées à parois souples et à chambre unique, qui semblent avoir évoluées précocement. Ce résultat remet en cause l'idée admise que les espèces à chambres multiples dominent l’assemblage des foraminifères.

Selon les auteurs, une optimisation plus poussée des technologies de séquençage haut-débit et l'agrandissement de la base de données de référence, pourraient aider à accélérer la recherche en eaux profondes.