La génomique des reptiles fait un bon en avant

Les reptiles sont peu représentées dans les bases de données génomiques et transcriptomiques, entravant les études sur l'évolution et le développement des ces animaux plus diversifiées que les mammifères. En outre, différents auteurs ont utilisé des protocoles différents d'assemblage et d’annotation de leurs données, rendant la comparaison des études difficiles. Pour combler ces lacunes, deux nouvelles études, dirigées par le Dr Athanasia Tzika, ont permis de générer deux nouvelles ressources: (i) le ‘Reptilian Transcriptomes Database 2.0’, qui fournit une annotation étendue de transcriptomes et de génomes d'espèces appartenant aux principales lignées évolutives de reptiles, et (ii) la sequence du génome du 'serpent des blés', une espèce que nous promouvons comme un excellent modèle pour les études sur l'évolution et le développement des reptiles squamates.

Bien qu'un nombre croissant de génomes de vertébrés ont été séquencés et annotés au cours de la dernière décennie, les reptiles sont encore largement sous-représentées dans ces initiatives, en dépit de la grande variété de morphologies / physiologies rencontrées au sein de ses plus de 10.000 espèces (soit environ deux fois plus que d'espèce de mammifères!). Nous publions maintenant deux importantes ressources pour la génomique des reptiles:

• Le ‘Reptilian Transcriptomes Database 2.0’ (publié dans le journal Genome Biology & Evolution 7(6):1827–1841)): cette base de données fournit une annotation étendue des génomes et des transcriptomes d'espèces couvrant les principales lignées reptiliennes: squamates (lézards et serpents), le Tuatara, les crocodiles et les tortues. Cette base de données sera régulièrement mise à jour et deviendra une référence pour les études d’expression des gènes, la génomique comparative et la transcriptomique, la cartographie génétique, l’écologie moléculaire, et les analyses phylogénomiques impliquant des reptiles. La base de données est disponible sur www.reptilian-transcriptomes.org et peut être interrogée à l'aide d'un serveur wwwblast installé à l'Université de Genève.
• La séquence du génome du serpent des blés, Pantherophis guttatus (publié dans le International Journal of Developmental Biology 58: 881 - 888), un serpent ovipares que nous promouvons comme une espèce modèle particulièrement appropriée pour les études du développement et de l'évolution des reptiles squamates. Nous avons produit un génome de 1,53 gigabases, couvrant environ 75% de la taille du génome total. Nous avons annoté 10917 gènes et prédit 5263 gènes supplémentaires. Le serpent des blés est un modèle idéal pour étudier le déterminisme génétique, le développement et l’évolution des couleurs adaptatives chez les reptiles. Notre article a fait la couverture de la revue International Journal of Developmental Biology (voir ci-desous).

Pour plus d'informations, contactez Athanasia C. Tzika (Athanasia [dot] Tzika [at] UNIGE [dot] ch) et visitez le ‘Reptilian Transcriptomes Database 2.0‘ 'ainsi que les deux articles originaux référencés ci-dessus.

Asier Ullate-Agote, doctorant au LANE, a obtenu un prix iGE3 (Institut de génétique et de génomique à Genève) pour le travail présenté ici.